醫(yī)院設有分院1個(深圳市中西醫(yī)結合醫(yī)院)和臨床醫(yī)技科室58個，有國家省市重點?？?4個，重點實驗室(研究所)16個， 其中：國家臨床重點醫(yī)學專科科1個(骨科)，國家發(fā)改委工程實驗室1個(國家地方聯合腫瘤基因組臨床應用關鍵技術工程實驗室)，國家中醫(yī)藥管理局重點實驗室2個(舌診原理與應用重點研究所、蛋白質組學三級實驗室)和國家衛(wèi)生部腦卒中防治基地醫(yī)院1個。省重點醫(yī)學專科7個(骨科、神經外科、泌尿外科、血液病科、中西醫(yī)結合老年病科、耳鼻喉科、康復科)。深圳市優(yōu)勢重點學科(群)、重點醫(yī)學?？?4個(神經學科群、骨科運動醫(yī)學科群、泌尿外科學科群、口腔科學科群、骨關節(jié)科、脊柱外科、創(chuàng)傷骨科和手外科、血液內科、腎病學、燒傷整形科、甲狀腺乳腺外科、康復醫(yī)學科、內分泌科、臨床護理)。深圳市重點(工程)實驗室和公共技術服務平臺9個(組織工程重點實驗室、腫瘤基因組臨床應用工程實驗室、泌尿生殖系統(tǒng)腫瘤重點實驗室、腫瘤免疫基因治療臨床應用工程實驗室、合成生物學工程實驗室、數字骨科技術工程實驗室、重大疾病體外診斷公共技術服務平臺、納米磁性復合活性人工骨科技創(chuàng)新平臺、腦卒中篩查與防治公共服務平臺)。研究所4個(深圳市血液病研究所、深圳市中西醫(yī)結合老年病研究所、深圳大學糖尿病基礎與臨床研究所、深圳大學泌尿生殖研究所)。有國家衛(wèi)生部內鏡專業(yè)技術培訓基地8個(普通外科、泌尿外科、骨科、消化科、神經科、婦科、口腔科、耳鼻咽喉頭頸科)。有廣東省?？漆t(yī)師培訓基地12個(神經內科、神經外科、耳鼻喉科、婦產科、全科醫(yī)學、口腔科、急診、康復科、麻醉科、醫(yī)學影像科、醫(yī)學檢驗科、管理)。近年來,醫(yī)院年門急診量超過260萬人次, 出院病人超過5萬人次, 住院手術超過2萬臺次。醫(yī)院在全市100多家醫(yī)院醫(yī)療質量整體評估中, 連續(xù)8年獲得三級醫(yī)院前3名。醫(yī)院有博士研究生培養(yǎng)點4個, 導師10名; 碩士研究生培養(yǎng)點26個, 導師62名。與中山大學等六所院校建立教學醫(yī)院或臨床醫(yī)學院關系。醫(yī)院是中山大學博士后聯合培養(yǎng)基地，2007年獲“博士后創(chuàng)新實踐基地”稱號。
近年來，醫(yī)院承擔一批國家自然科學基金、國家“863”、“973”等重大科研項目;在Nature、Nature Genetics、Nature Biotechnology 和Cell 等國際著名刊物發(fā)表一批高水平論文;在知名出版社出版一批有較高學術價值的專著;獲得一批省、市級科研成果及國家發(fā)明專利。借助國家公立醫(yī)院改革的東風，醫(yī)院全力打造研究型現代化醫(yī)院，目前正在組建優(yōu)勢學科。
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